然而，有機錫對環境的污染是非常大的。有機錫污染主要針對海洋環境，它主要通過PVC、防污涂料、殺生劑對海洋進行污染。有機錫化合物在PVC的制造過程中產生，從PVC產品上或處理過程中浸出，進入城市和工業廢水，終進入海洋。防污涂料主要附著在船舶周圍，其作用是釋放有毒的有機錫，阻止水生生物在船體上附著。但是大量的有機錫化合物進入海洋中，也會影響到許多非目標生物。殺生劑主要用來控制農作物的細菌病和真菌病，大多采用噴灑法施藥，對土壤、大氣、水域產生直接污染，在通過地表、地下水進入海洋。

有機錫進入海洋后能夠導致海洋浮游植物的光合能力的削弱，而浮游植物是浮游動物的主要食物來源，在攝入有毒性的浮游植物之后，浮游動物的覓食能力下降，繁殖力下降，終海洋的浮游動植物群落結構都會發生改變。同理，在海洋生態系統中的更高營養級動物，如海洋哺乳類和鳥類也會受到有機錫的間接和直接污染的毒害作用。