然而,有機錫對環境的污染是非常大的。有機錫污染主要針對海洋環境,它主要通過PVC、防污涂料、殺生劑對海洋進行污染。有機錫化合物在PVC的制造過程中產生,從PVC產品上或處理過程中浸出,進入城市和工業廢水,終進入海洋。防污涂料主要附著在船舶周圍,其作用是釋放有毒的有機錫,阻止水生生物在船體上附著。但是大量的有機錫化合物進入海洋中,也會影響到許多非目標生物。殺生劑主要用來控制農作物的細菌病和真菌病,大多采用噴灑法施藥,對土壤、大氣、水域產生直接污染,在通過地表、地下水進入海洋。
有機錫進入海洋后能夠導致海洋浮游植物的光合能力的削弱,而浮游植物是浮游動物的主要食物來源,在攝入有毒性的浮游植物之后,浮游動物的覓食能力下降,繁殖力下降,終海洋的浮游動植物群落結構都會發生改變。同理,在海洋生態系統中的更高營養級動物,如海洋哺乳類和鳥類也會受到有機錫的間接和直接污染的毒害作用。